Ο Μανώλης Μπουχαλάκης γεννήθηκε στην Κρήτη το 1993. Έκανε τα πρώτα του βήματα στον χώρο του ποδοσφαίρου στις ακαδημίες του Εργοτέλη, στον οποίο βρέθηκε από πολύ μικρή ηλικία. Αρχικά αγωνιζόταν αποκλειστικά και μόνο στα ελληνικά πρωταθλήματα νέων, ωστόσο οι συνεχόμενες πολύ καλές του εμφανίσεις οδήγησαν τη διοίκηση του κρητικού συλλόγου να τον καλέσει προκειμένου να υπογράψει το πρώτο του επαγγελματικό συμβόλαιο τον Μάιο του 2011 κι ενώ διένυε τότε το 18ο έτος της ηλικίας του.
Μετά την υπογραφή επαγγελματικού συμβολαίου ξεκίνησε να κάνει προπονήσεις με την πρώτη ομάδα, χωρίς ωστόσο να καταφέρει να βρει αμέσως θέση στη βασική σύνθεση της ομάδας. Το επίσημο ντεμπούτο του με τον Εργοτέλη πραγματοποιήθηκε στις 11 Δεκεμβρίου 2011, όταν και πέρασε ως αλλαγή στα τελευταία λεπτά του νικηφόρου εντός έδρας αγώνα με αντίπαλο τη Δόξα Δράμας (2-1).
Οι πολύ καλές του εμφανίσεις με την κρητική ομάδα προκάλεσαν το ενδιαφέρον αρκετών ομάδων, τόσο εντός, όσο και εκτός ελληνικών συνόρων. Η ομάδα η οποία τελικά κατάφερε να τον αποκτήσει ήταν ο Ολυμπιακός Πειραιώς,ο οποίος απέκτησε τα δικαιώματά του έναντι 150.000 ευρώ, προχωρώντας παράλληλα στην απόκτηση και του Μανώλη Τζανακάκη, συμπαίκτη του Μπουχαλάκη στον Εργοτέλη. Παρά την απόκτησή τους από την ομάδα του Πειραιά, η διοίκηση του ερυθρόλευκου συλλόγου αποφάσισε να παραμείνουν και οι δύο ως δανεικοί στον Εργοτέλη, προκειμένου να πάρουν περισσότερες επίσημες συμμετοχές αλλά και εμπειρίες σε έναν σύλλογο που είχαν ήδη εγκλιματιστεί και δεν θα υπήρχαν προβλήματα προσαρμογής.
Μετά το τέλος της αγωνιστικής περιόδου 2013-14, οπότε και έληξε ο μονοετής δανεισμός του Μπουχαλάκη στον Εργοτέλη, επέστρεψε στον Ολυμπιακό έχοντας προηγουμένως πραγματοποιήσει με την κρητική ομάδα σε όλες τις εγχώριες διοργανώσεις 31 συμμετοχές (τις περισσότερες ως βασικός) και έχοντας πετύχει και δύο γκολ. Έλαβε κανονικά μέρος στην προετοιμασία του Ολυμπιακού και ο προπονητής του συλλόγου Μίτσελ τον συμπεριέλαβε στην αποστολή που συμμετείχε στο διεθνές τουρνουά International Champions Cup. Ο Μπουχαλάκης αγωνίστηκε και στους τρεις αγώνες που έδωσε ο σύλλογος με αντιπάλους τις Μίλαν, Λίβερπουλ και Μάντσεστερ Σίτι, ενώ παράλληλα πέτυχε ένα εξαιρετικό γκολ (με σουτ πολλά μέτρα εκτός περιοχής και την μπάλα να παίρνει αρκετά φάλτσα κατά τη διάρκεια της πορείας της προς τα δίχτυα), στον πρώτο αγώνα του Ολυμπιακού με αντίπαλο τη Μίλαν (3-0), το οποίο ψηφίστηκε ως το καλύτερο της διοργάνωσης. Η πολύ καλή του παρουσία στο τουρνουά αυτό, αλλά και η γενικά σταθερά καλή απόδοση του στους υπόλοιπους φιλικούς αγώνες και στις προπονήσεις, οδήγησαν στην παραμονή του στη βασική σύνθεση του ερυθρόλευκου συλλόγου.
Ο Μπουχαλάκης το επίσημο ντεμπούτο του με τη φανέλα του Ολυμπιακού το πραγματοποίησε στις 30 Αυγούστου 2014, ως αλλαγή, εναντίον του Παναιτωλικού (1-1). Ως βασικός ξεκίνησε στο ντεμπούτο του με τη φανέλα του Ολυμπιακού, στο κύπελλο, απέναντι στην Παναχαϊκή, σε έναν αγώνα που έληξε 0-1 υπέρ του Ολυμπιακού. Στις 3 Ιουνίου 2016, ο Ολυμπιακός ανακοίνωσε επίσημα την επέκταση του συμβολαίου του νεαρού μέσου με τον σύλλογο ως το καλοκαίρι του 2020.
Νότιγχαμ Φόρεστ
Στις 27 Ιουλίου 2017, η Νότιγχαμ Φόρεστ, ανακοίνωσε την απόκτηση του Έλληνα ποδοσφαιριστή, υπογράφοντας συμβόλαιο συνεργασίας για τα επόμενα τρία χρόνια. Στο ντεμπούτο του με τον αγγλικό σύλλογο σημείωσε δύο τέρματα.
Εθνικές ομάδες
Υπήρξε διεθνής με τις μικρές εθνικές ομάδες της Ελλάδας και συγκεκριμένα έχει πραγματοποιήσει με την εθνική Νέων (Κ19) επτά συμμετοχές, με την εθνική Νέων (Κ20) έξι συμμετοχές και ένα γκολ, ενώ με την εθνική Ελπίδων (Κ21) οκτώ συμμετοχές, έχοντας πετύχει και ένα γκολ.
Τον Αύγουστο του 2017 κλήθηκε για πρώτη φορά στην εθνική Ανδρών, για τις εντός έδρας αναμετρήσεις εναντίον της Εσθονίας και του Βελγίου για τα προκριματικά του Μουντιάλ 2018.
